La acuaponía es un sistema para cultivar peces y plantas juntos en un ciclo de beneficio mutuo. Los peces producen desechos que se convierten en nitratos y amoníaco. Estos no son buenos para los peces si se acumulan demasiado, pero son un gran fertilizante para las plantas. A medida que las plantas absorben estos nutrientes, purifican el agua, lo cual es bueno para los peces. Muchas culturas han hecho uso de este ciclo para producir mejores cosechas y nutrir a los peces como una fuente de alimento adicional. Los arrozales de China y Tailandia han utilizado técnicas acuapónicas durante años. Los aztecas desarrollaron un sistema de construcción de islas flotantes para plantas alimenticias como el maíz y la calabaza. Los peces se propagaron por las islas, dejando sus desechos en el fondo del lago, donde podían recolectarse para fertilizar las plantas.
La acuaponía moderna es un poco más de alta tecnología, pero sigue siendo una forma eficiente y respetuosa con el medio ambiente de producir alimentos. Los peces se mantienen en grandes tanques y las plantas se cultivan hidropónicamente; es decir, sin suelo. Se plantan en camas con un poco de grava o arcilla y sus raíces cuelgan hacia el agua. El agua se recicla a través del sistema, de modo que recoge los "desechos" de los peces; luego se bombea a los lechos de las plantas, donde las plantas lo filtran naturalmente y luego se puede devolver a las peceras. A diferencia de los métodos de cultivo tradicionales, no se necesitan fertilizantes químicos para las plantas:todos provienen de los desechos de los peces. También tiende a ser orgánico, porque el uso de pesticidas sería perjudicial para los peces.
Una vez que el sistema está configurado, solo se necesita un poco de agua extra para compensar la evaporación, porque la misma agua se recicla constantemente. Esta es una gran mejora con respecto al cultivo tradicional de plantas, que consume mucha agua. Muchos tipos de plantas se pueden cultivar en granjas acuapónicas (ya sean de tamaño comercial o doméstico), especialmente plantas de hojas y hierbas. El pescado más utilizado es la tilapia, aunque también son adecuados muchos otros.